Как добавить новый домен в существующий сертификат, сгенерированный Certbot и Let's Encrypt

Начиная с certbot версии 0.34.0 процедура достаточно проста (в зависимости от вашей системы замените certbot на certbot-auto или ~/certbot-auto):

Сначала проверим существующий сертификат и домены:

sudo certbot certificates

Эта команда возвратит имя вашего сертификата и содержащиеся в нём домены, например:

    - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
    Found the following certs: Certificate Name: foo.example.com
    Domains: foo.example.com bar.example.com
    Expiry Date: 2019-08-01 11:30:32+00:00 (VALID: 89 days)
    Certificate Path: /etc/letsencrypt/live/foo.example.com/fullchain.pem
    Private Key Path: /etc/letsencrypt/live/foo.example.com/privkey.pem
    - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Теперь заменим пробелы на запятые в перечне доменов и добавим ещё один, например baz.example.com:

sudo certbot --expand -d foo.example.com,bar.example.com,baz.example.com

Готово.

Позаимствовано отсюда.

Update

Теперь удалим ставший ненужным домен, например bar.example.com:

sudo certbot certonly --cert-name foo.example.com -d foo.example.com,baz.example.com